Babası, İrlanda asıllı olan yüksek mühendis Ernesto Guevara Lynch, annesi ise İrlanda-İspanyol karışımı bir aileden olan Clia dela Sena idi.
Che, Henüz 2 yaşındayken astım hastalığına yakalandı. Üç yaşında iken ailesi Arjantin’in başkenti Buenos Aires’e yerleşti. Daha sonraları astım krizlerinden dolayı Che'nin durumu daha da kötüye gitti.
